>>964
こういうこと?
対象に上書きするので注意。

#! /usr/bin/perl

$perlfile = 'ファイル名';

open(FILE,"+<$perlfile");
 while($tmp = <FILE>){
  $tmp =~ s/\#+[^;]*\n/\n/;
  $dat .= "$tmp";
 }
 seek(FILE,0,0);
 print FILE "$dat";
 truncate(FILE, tell(FILE));
close(FILE);

print "Content-type: text/plain\n\n終了\n";