>>89

アップロードしたファイルと元のファイルは同じもので、
再度FTPでダウンロードした場合正常に解凍できました。

他の原因としては何が考えられるでしょうか・・？

念のためにスクリプトを下記のように変更しました。

open(FILE, "$file_path$file") || die;
my $filebody = '';
while(read(FILE,$filebody,1024)){
print $filebody;
}
close(FILE);