@dataにデータがある分だけ、ファイルF1とF2に全く同じデータを上書きしたい場合
こんな感じでいいのでしょうか？
上書きする部分だけループにしています。添削してもらえませんか？

open(F1,">$file1")||die();
flock(F1,LOCK_EX);
open(F2,">$file2")||die();
flock(F2,LOCK_EX);
foreach(@data){
($aaa,$bbb)=split(',',$_,2);
print F1 "$aaa,$bbb\n";
print F2 "$aaa,$bbb\n";
}
close(F1);
close(F2);