最善策なんて個々のサイトによるだろう。
アクセスカウンターが本当にキッチリとカウントしなければいけないのか、
0に戻らなければ多少いいかげんでもいいのか等により違うものだろ。
バックアップファイル作ってもいいし、分散化させてもいいし、その組み合わせでもいい。