恐らくFTPを使って転送していると思うが、サーバ側とあなたの環境が同じ系
（UNIX系同士またはWindows系同士など）だったらバイナリモードで送れば
いいし、違っていればFTPのサーバ側（リモートホスト）とローカル側を設定
すればいいでしょう。