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そもそも君に権限がないファイルはパーミッション変えられない。
また、SuEXECじゃないスクリプトはnobodyなんかで動いているから、
最初から書き込み権限がないファイルは変えられない。
そもそも、これはWebProgな質問ではないような気もするがそれは黙認。
もんだいは、/etc や /var あたりにおいたしようとしてないか？
ってことか？