んー、自動的と言うのはどう言う意味だろう(CGI殆ど書かないので。。)
基本的にそのディレクトリに有るファイルが、CGIのみから更新されるなら
SSIでincludeする(execは殺す)為のファイルを書き出すだけで良い。

もし、CGIが感知しない部分でダイナミックに更新されるなら
素直にCGIで表示するか、呼び出し元のHTMLを書き換えるしか無いんじゃ
無いかな