んーおかしいね。。
OSとメモリの空き具合を書いてくれるとわかるかも。

HDがガリガリ言うってことは相当I/Oの処理がかかってるからUNIX系ならtopコマンドでCPUの分配を見てみて
もしsystemのCPUが多かったらThread_Cache等の変数を上げてみるといいと思います。