http://jp.php.net/manual/ja/features.file-upload.php
まずはここを参照。

アップロード時に返ってくる$HTTP_POST_FILES['userfile']['type']は
うｐしたファイルのファイルタイプが入っているので、それを正規表現でチェックとか。
Excelなら
if (ereg ("ms-excel", $filetype)) {
　　$filechk = true;
}
のような感じで。

バージョンごとにファイルタイプが違うといっても、少しは統一された表記があると思うので
そのあたりを利用するのが良いとかと。