いわゆる「音ずれ」は　エンコ「動画編集」の過程では、よくある事です。
映像と音声を別々の方式で圧縮してて、映像編集には、より多くの負荷が掛かるので
「駒落ち」して、音声部分だけ残った結果だと思います。いずれにしても、
気にする問題では無いと思います。