漢民族という言葉が持つ意味をおさえとく必要があるのではないでしょうか。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%BC%A2%E6%B0%91%E6%97%8F
（このページでは台湾が漢民族が多数派である国としてカウントされている）

中華思想（華夷秩序）における華を任ずるものが漢民族であるということなのか。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%B8%AD%E8%8F%AF%E6%80%9D%E6%83%B3

その意味では、日本統治時代の台湾住民は自分たちを華(漢民族)であると認識し、
日本側の台湾総督府もそのように見なしていた。
一方、清朝側は台湾を化外の地つまり夷(漢民族ではない)であると見なしていた。

それが、日本統治時代、国民党支配の時代をへることによって
台湾人は中華思想から脱して、台湾人というアイデンティティを持つようになる一方、
中共は台湾人は漢民族であるという方便を使うようになった。

かなり乱暴だが、まとめるとこのようになるのではないでしょうか。