>>562さん

１）施行令：法律の施行のため、内閣が制定するもの
　　施行規則：法律の施行のため、管轄する省庁の大臣が制定するもの

２）可能です（憲法１６条参照）。
ですが、これが難しいのは「どこをどのように改正してほしいか」具体的に請願しなければならない点です。

３）施行規則に関する請願と、法改正に関する請願は別に扱われます。
ただし、おっしゃる通り、それぞれお一人様一回限りです。
有効に活用しましょう！