追記です。
>>220　改正施行規則１条５項５号の、
「その他実親子関係を認めるに足りる資料 」に、
DNA鑑定書は解釈上含まれると思います。

現場担当者が、これはあやしいなと思ったら、
この条文を根拠に提出を求めることは可能でしょう。
求めても提出がない場合、
書類不備として国籍取得届を受理しないということもできるはずです。

したがって、現状のままでもDNA鑑定が行われる余地がある訳ですが、
あくまでも現場の裁量に過ぎず、強制力はないでしょう…。