安そうな所を探してみました。

http://rurubu.travel/hotel-list/1302.html
http://www.e-otomari.jp/pc.shtml
http://www.minatonoyado.com/hamamatsucho/
浜松町海員会館　駐車場安い
http://www.jyh.gr.jp/yoyogi/
代々木ユースホステル
http://www.sb-hotel.jp/index.html
新宿ビジネスホテル
http://www.bestrsv.com/
低めの値段で検索すると安い部屋が出てきます。
http://bt.listnavi.com/hotelunder5000kanto.htm
5000円以下
http://www.tokyo-ih.jp/jp/index.html
新宿のユース