以前別の事件で上申書（嘆願書）を検察に送った時は「担当検事様」だったよ。
検察庁に電話してそれでいいって話だったので。

その他の注意事項としては、
※封筒に「上申書在中」と記入。複数枚入っている場合は「上申書○○通在中」とする。
※上申書の下の署名は複数名の連名でも可。
※封筒の裏に必ず住所・氏名を記載する。
※書留・配達記録などで送付すること推奨。
※捺印は必ずしも必要ではないけれど、なるべくなら押す。印鑑がない場合は拇印、あるいはサインで。まったくなくても有効（街頭署名運動の場合、捺印なしがほとんど）。