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女性天皇を認めることと女系天皇を認めることはその根本において意味合いが違います。

万世一系とは、遺伝学的に言うなら
皇祖のY染色体を子々孫々まで継続することです。

当然、女性にはY染色体は存在しません。
一代限りの女性天皇の即位は皇統の存続になんら問題ありません。

しかし、一時的措置として以外の女系天皇の即位、
また、その女系天皇を祖とする皇統は
その段階ですでに「万世一系」の理とは違うものです。