そもそも天照大神ご自身が女性神だから男性が祭祀を司ってきたのではないのですか？
さすがに卑弥呼の時代まで遡るとちょっと分からないが、日本の歴史における国生みの神話をはじめとする歴史の始まりはその辺りからですよね。