ここまで読んで、俺的勝手な感想とまとめ

・重要：今回は私的な来日である。政治色を出すのは極力排除した方が良い。
・台湾の旗のことは事情が複雑なので避けたが吉。我々は日本国民なので、日本国旗で
　出迎えるのが無難。ただ日章旗はバカサヨクに因縁をつけられる元凶になりかねないので、
　やめた方が良いと思う。
・日本国旗を用意出来る人はできるだけ用意して持って行ってあげて下さい。
・旗が足りない場合は、笑顔で手を振るだけでも全然違ってきます。
・李登輝先生は日本語達者なので、「歓迎光臨」すら不要（北京語の「熱烈歓迎」は論外）。
・ｷﾀ━━━━(ﾟ∀ﾟ)━━━━ !!!!!などの2ch色も出さない方が良いと思われ。
・撮影できる機材があれば、撮影しておいてあとでどこかにうｐするのが吉。
　我々（俺行けないけど）が撮影されたとしても、それを撮影した側が恣意的に
　使ってしまえば、逆効果にもなりかねません。
・「マンセー」禁止。

まとめ：　普通にシンプルにお出迎えするのが一番。先生もそれで十分喜ばれるでしょう。