とりあえず1000人以上収容可能、200万円以内で探してみました。
収容人数は面積×0.77ぐらいで算出するのが一般的なようです。

●さいたまスーパーアリーナ　コミュニティアリーナ
7,500㎡　2,475,000円　（1㎡あたり330円）
http://www.saitama-arena.co.jp/ryoukin.html

●東京国際フォーラム　ホールB7
1,400㎡　1,820,000円　（1㎡あたり1300円）
http://www.t-i-forum.co.jp/japanese_r/price/facility_price01.html

●東京ビッグサイト　西３ホール
4,680㎡　1,770,000円　（1㎡あたり378円）
http://www.bigsight.jp/reserved/pay.html

●サンシャインシティ　展示ホールB
2,343㎡　1,562,000円　（1㎡あたり666円）
http://ishi.clip.co.jp/convention/co_ryokin.html

●パシフィコ横浜　ホールA
3,300㎡　1,100,000円　（1㎡あたり333円）
http://www.pacifico.co.jp/p3/sisetu/tenji/ryokintenji.html

●幕張メッセ　展示ホール10･11（1/2展示ホール）
2,250㎡　731,500円　（1㎡あたり325円）
http://www.m-messe.co.jp/use/rates/exibition_basic_j.html

●さいたまスーパーアリーナ　展示ホール
約1,000㎡　500,000円　（1㎡あたり約500円）
http://www.saitama-arena.co.jp/gaiyou_t.html

●大田区産業プラザＰｉＯ　大展示ホール
1,600㎡　300,000円　（1㎡あたり187円）
http://www.pio.or.jp/shisetu/dai.html

さいたまスーパーアリーナも参考までに載せました。
同人寄りな人間なので少し偏りがあるかと思いますが、参考程度にどうぞ。
利用時間や設備費はまちまちなのでリンク先で確認して下さい。
個人的にはネームバリューと支払い方法から幕張メッセが良いかと。