＞全てのVLANを全部重ねてしまう（１ポートに全てのサブネット）
＞そうした時にL3-SWのリソースって死ぬほど消費するのでしょうか？
＞また、こんな全てのVLANを重ねるなんて、常道手段なんでしょうか？
重ねないでルーティングします。何のためのL3-SWなんだか。

設定方法はメーカーや機種に依ります。
とりあえず
つhttp://www.google.co.jp/search?hl=ja&q=VLAN%E3%81%A8%E3%81%AF&lr=