・TCPやIPレベルのチューニング
IP以下の層なら、ARPやルーティングキャッシュのタイムアウトとか
TCPなら、SYN/FINのタイムアウトやリトライ回数、Keepaliveのインターバル、バックログキューのサイズとか

・サーバのチューニング
これはサーバの用途によって広範囲すぎでしょう
最大コネクション数とか、タイムアウトとか
ディスクやメモリの割り当て（物理的な割り当てじゃなくて、キャッシュやテンポラリ、ユーザ使用領域の制限)とか

この辺を試験時/商用稼動時で、それぞれ最適値を見つけられるようになっとくと強いかと

#こういう話をすると"そんなの誰でもできる"とか言い出す阿呆が多い
#変え方を知ってるのと、最適値を見つけられるのは全然違う