>>973-974
ONUとCTUを切り離さず、普通にNVR500も合わせて直列に繋いで大丈夫だと思います。

---[ONU-CTU]---[NVR500]---[HUB]--その他IP電話機、PC等

NVR500のLAN2側（CTU側）ネットワークを192.168.1.0/24、LAN1側（IP電話PC側）を192.168.100.0/24として、以下の方法があります。

１、NVR500のLAN2側に複数のアドレスを持たせる方法
LAN1側にIP電話端末192.168.100.11-13を置いて、LAN2のアドレス192.168.1.11-13と静的NATで繋げる。（SIP-NATが必要)

２、CTU側のネットワークの一部をNVR500のLAN1側に持ってくる方法
LAN1側にIP電話を置き、LAN1側のセカンダリネットワークアドレスをIP電話端末192.168.1.241-243/29（LAN2の分割）に割り当てて、ルーティングする。

他にもあると思いますが、このぐらいが基本でしょうか。
以下のアドレスの設定事例集を参考にやってみてください。
http://www.rtpro.yamaha.co.jp/RT/docs/example/broadband/index.html