>あのさ、問題を切り分けようよ。

色々書いているうちに、わけが解らなくなってまして。。。

整理して書くと

・ＶＰＮ接続もしていますが、繋がらなくなるのは社内ネットワークのノード。
・繋がらなくなった時、ＬＡＮケーブルの挿抜をすると繋がる。
・NetBIOS名で繋がらなくなったとき、ＩＰアドレスを直接入力すると繋がる。
・ＤＨＣＰサーバーとして、Windows server 2003を使用。
・ルーターは、100MＢイーサーのRTX1500で、ＨＵＢはほとんどが１ＧＢイーサー対応

お話をお聞きする限り、ＤＮＳやＤＨＣＰ辺りが怪しい雰囲気ですね。
そのワードで、色々と調べまわっております。

勉強が済むまで、社内ネットワークが生きていてくれれば良いのですが。。。

何はともあれ、有用な情報を、ありがとうございます。