デメリットは、
FTPソフトで無通信のまま180秒放置すると再接続しないといけないのでワンクリック（接続ボタン）押す手間が増えるとか？

説明すると。
通信中にセッションを持続したまま無通信が180秒続く場合切れるコマンドです。
TELNET、SSH、FTPなどの対話式（対話型）アプリに影響を及ぼすことが考えられる。

一般人にはほとんど関係無い（違いがわからない）設定じゃないかな