>>533
ごめんなさい。
前提が全然分からない。

>IPv6で拠点間通信を行う場合、LUAを使って
>fdXX:XXXX:XXXX::/48のネットワークを配って通信する事までは分かったんだが、

おそらく、ULAのことだと思うが、
ULA使っているところってほとんど知らんけど。。。

>GUAを使いたい所だけ、VLANで同じネットワークにしてやるとかしないと駄目なのかねぇ。

拠点との通信にVLAN使えるってことは、広域イーサとかで繋がってるってこと？
だったら、ISPから/48のIPv6アドレスをもらって、拠点に/64でバラ巻けばいいでしょう。