>イーサネット、トークンリング、ＦＤＤＩ、ＡＲＰ、ＲＡＲＰ、ＩＰ、ＩＣＭＰ、ＲＩＰ、ＲＩＰ２、ＯＳＰＦ、ＢＧＰ、
>ＤＮＳ、ＤＨＣＰ、ＮＡＴ、ＮＡＰＴ、ＴＣＰ、ＵＤＰ、ＨＴＴＰ、ＦＴＰ、ＳＮＭＰ、ＳＭＴＰ、ＰＯＰ

基本的にネットワークサービスに関連するものはすべてNEの守備範囲なので
どれかのプロトコルにだけ強いNEっていう話は無いかと。。。

いまネットワークといえばTCP/IPと関係のあるプロトコルで成り立っている
サービスであることが多いみたい。
だから"Internet Standards"で挙げられる技術のすべてと考えていいんじゃないだろうか。
あと、↓　みたいなのも完全にネットワークエンジニア向けのイベントだと思う。
http://www.soi.wide.ad.jp/iw2006/

プロトコルや実装について理解を得るにはやっぱりUNIX系OSを扱うことが手っ取り早いので、
マゾで無い限りUNIX系OS（FreeBSDやLinux）の使い方を身に着けることになります。
プログラミング経験が無いというのはかなりハンデだと思うけど、
バレないうちにshellスクリプトやRubyやPerlを2年がかりで身に着けておけばなんとか間に合うかと。

>座学、実技研修二ヶ月間は16万、以降残業20H込みの25万という待遇です。

そんなもんです。辛抱して2年は耐えてください。
逆に、それ以上長く居てはいけません。
2年耐えれば職歴ありとして、よその会社でその額の倍を稼ぐことはおそらく可能です。