47 = 4 です。
>> 48 互換性は維持できるし (以下省略)

別の書き方をします。

拡張アドレス部分は、TCPのオプションを使うことになっていたはずですよね？

TCPオプションは、相互で違っていてもかまわないものなので、IPv4しか
しらないサーバからの応答に、拡張アドレスオプションは維持されません（よね？）
よって、IPv4.6からの発信は、IPv4ノードに届くかもしれませんが(※)、
応答は、発信元のIPv4.6ノードまで到達できません。(拡張アドレスが失われるので)

上位互換性が無いので、部分的な置き換えはできないと思います。

参考 ⇒ http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/network/baswinlan016/baswinlan016_02.html

※未知のTCPオプションを弾くFireWallやルータが、居るかもしれない。