http://www.rtpro.yamaha.co.jp/RT/docs/example/ns-5xp/ns-main.html
ここのYAMAHAの設定例を参考にされたとのことですが、
ここの設定例ではRTX1000 Aに相当するルータがインターネットの接続に
NATを利用してない場合の設定です。
RTX1000 AでNATを利用されている場合は下記のような追加設定が必要になると思います。

nat descriptor type 1 masquerade
nat descriptor address outer 1 61.*.*.*
nat descriptor address inner 1 61.*.*.* 192.168.2.1-192.168.2.254
nat descriptor masquerade static 1 1 61.*.*.* udp 500
nat descriptor masquerade static 1 2 61.*.*.* esp *

ちなみに61.*.*.*はRTX1000 AのWAN側のIPアドレスでNATディスクリプタの番号は
現在の接続で使用している番号に変更してください。
要するに、IPSecでカプセル化されたパケットはRTX1000に振り分けるためのNATの設定です