悪い時、L３までしかtrace逝かないならL3のconfigおかしいんじゃ。

＞通信が出来なくなっている端末と同一セグメントの他の端末までは
＞問題なくpingも通っていますので
＞Ｌ３スイッチのルーティングが狂っているとも思えないのですが

同一vlan内通信ならOKということでしょう？ルーティング狂ってても通るのでは。
他vlanにはping飛ぶのか、rootには飛ばないのか確認が必要のような。