アライドのスイッチとかでは、フローコントロールがデフォルトでOFF
になっていますが、

単純に ON(IEEE802.3x,バックプレッシャー)にすると
何かよからぬことが起こりえるのでしょうか?

IEEE802.3x未対応のNICやスイッチがあると、PAUSE信号が無駄なパケットに
なると思うのですが、たいしたことない気がしますが・・