エージェント何を使ってるかわからんけど、net-snmpならconfのprocで指定する。
たとえば、apacheのプロセス数を監視したければ、こんな感じでできると思う。
MIBも吐き出しているはずだから、一覧で出して探せば見つかると思う。

proc /usr/local/apache/bin/httpd 20 5

詳細はこちら
http://grin.flagbind.jp/archives/2004/11/netsnmp.html