syn cookieやsyn cacheも万全ではないですからね。
オープンソースのUNIXなら、TCPのコードを変えてしまうのがいいかも。

とりあえずいまUNIX板のスレ読んでます。
Ciscoの高いFWはどうやって防いでいるのだろう？

ホスト　　　　FW　　　　サーバ
--- SYN --->
<- SYN/ACK-
--- ACK --->
　　　　　　　　--- SYN --->
　　　　　　　　<- SYN/ACK -
　　　　　　　　--- ACK --->
----------->
　　　　　　　　------------>
　　　　　　　　<------------
<-----------

ってな感じに、軽量化したTCPサーバとSeq変換を
するだけ？