>>730
W-1000Tでは登録モードの47でダイヤルイン番号の設定、
50で着信サービス設定（ダイヤルインの有効/無効切り替え）
51で自アドレス（契約者回線番号）の設定になっています。

W-1200Tについてはわかりませんが、i・ナンバーとダイヤルインは排他利用になっていて
どちらを利用するか設定で切り替えるのではないでしょうか？

> FAXは勝手に届いてたり、一旦受話器をとって
> FAXポートに転送しないと届かなかったり（多分相手によってだと思うのですが）
TEL/FAX収容設定はFAX、高位レイヤ整合性設定はG3FAXになっていますか？

ひととおり取扱説明書を読んで、全ての設定項目を確認して下さい。
どうしてもうまくいかなければダイヤルインを使ってはどうでしょうか？