>>409ですが解決しました！

結論から言うと
Minecraft Forge 11.15.1.1722
が原因でした。
現在の1.8.9版forgeのrecommendedですね。

一つ一つmodを抜いて動作検証して…を繰り返して個別のmodが原因でないことを確かめた後、Minecraft Forge 11.15.1.1722を単体導入してホッパーとチェストの前述バグを確認、さらにその後1.8.9バニラでバグが起きないことも確認できたのでforgeの問題だと確定しました。
forgeのバージョンを11.15.1.1722から11.15.1.1751に変更したところ問題の起きていたワールドでも正常に動作しました。

1.8.9版forgeのチェンジログを見る限り1724でこのバグは修正されているようです(確認はしてませんが)。
ログにはsmall bugと書かれていましたが結構致命的なバグだと思うので1722は使用しないほうがよろしいと思います。

長くなりましたがともかく解決できて良かったです。
ありがとうございました。