vitaは要素的にはレッドストーン含めてとりあえずの要素が揃ってる
peはエンド、レッドストーン(年内実装予定)がない不完全バージョン
グラフィックは公式テクスチャしかないvita版に比べて高解像度テクスチャやシェダーも一応は使えるのがpe
マップが狭く簡単に探検しつくし特定資源が枯渇したりするのがvita版。無限マップで冒険が楽しめるのがpe
但し高さ制限が256まであるので高山の建物や高層建築まで容易なのがvita版。その半分の高さしかないので高山には小屋しか建てられないのがpe
友達との遠隔マルチが極めて容易なのがvita版。基本は鯖立てないと駄目で面倒なのがpe
PS4版に引き継げばマップが広くなるのがvita版。工業modなど割と面白いmodもあるのがpe

どちらも一長一短だよ