繁殖方法とか分かった上で、村人数が上限に達したって意味での質問だとして回答する

直接手に掛けるとダメ　最近は友好度だかなんだかも実装されて尚更
砂で埋めるとか溶岩ぶっ掛けるとか、間接的に処理するべき