>>339
F3情報の右上のメモリ使用状態はどうなってる？
おそらく、それが減るタイミングで一時的にFPSががくんと下がってると思う
もしそうなっているなら、メモリ不足になってGCが動いてるためにFPSが下がってると思われる
なんでメモリ不足になってるかはまでは分からん。

根本的な解決にならないが、
-XX:+UseG1GC -XX:MaxGCPauseMillis=50
のように、ポーズタイム指定でG1GCを使うようにすれば多少は緩和されるかも

あと、色々やる前に、その環境で新しいワールドを作って再現するか、
改善するかを確認すべきかも