うん、大体読んだ通りだった
正確には自然消滅フラグが立ってると壊してもドロップする

Thaumcraft:blockMagicalLeavesはメタデータで0ならグレートウッド、1ならシルバーウッドの葉になるけど、
それ以外に再設置フラグ(0x4)と自然消滅のフラグ(0x8)があって、
「再設置フラグがオフ&自然消滅フラグがオン」のときのみドロップの抽選が行われる
だから、シルバーウッドならメタデータが9の時にだけ苗木がドロップして、
1, 5, 13だと全くドロップしない

↓のコマンドを設定したコマンドブロックで自動設置しながら
壊しまくればメタデータが1,5,13だとドロップしないのが確認できる
/setblock <x> <y> <z> Thaumcraft:blockMagicalLeaves <メタデータ>