うまくいきました。
うまくいったのはこちらです。

doItAndPrint(paste("hanbetsu <- table(", ActiveDataSet(), "$", tclvalue(lhsVariable), ",", ActiveDataSet(), "$予測群)", sep=""))

コンマの後の空白をきちんと空けたのが良かったようです。ありがとうございました。