>>189
3次元プロット自体はできるよね。
色分けは、例えばscatterplot3d()を使うなら、colorに色名のベクタを与えればよいだけ。
> modern <- c(3, 2, 2 ,3, 2, 3, 1)
なら、
> cols <- c("yellow", "white", "red")
> cols[modern]
[1] "red" "white" "white" "red" "white" "red" "yellow"
とすれば、色名のベクタが出来る