ちょっと考えてみましたけれど
文部科学省から独立できない理由は結局お金なんですよね。
文部科学省の存在意義というのは何なんでしょうか。
やはり正攻法でいくなら国民の意見として
文部科学省のお取り潰しが必要なんではないでしょうか。

それぐらい破壊的な発想しか浮かびません。