すいません自己解決しました
言葉足らずで申し訳ありませんでしたが、最終的にやりたかったことは変数の組合せ別の集計でした
適当で申し訳ありませんが結局こうなりました

X <- as.data.frame(matrix(1:100, 10))
X <- rbind(X, X, X[1:5,], X[1:4,])
Y <- data.frame(unique(X), freq=NA)

for (i in 1:nrow(Y)) {
Y$freq[i] <- nrow(X[which(apply(X, 1, identical, as.matrix(Y)[i,1:(ncol(Y)-1)])),])
}