【R言語】統計解析フリーソフトＲ 第４章【GNU R】
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0001１３２人目の素数さん
2011/01/09(日) 17:31:49統計計算で重宝するデータ型や、複数要素を処理する演算や関数、
解析結果を表示するグラフィックなど、多彩な機能を提供します。
●関連サイト
The R Project
http://www.r-project.org/
RjpWiki
http://www.okada.jp.org/RWiki/
リンク集
http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A5%EA%A5%F3%A5%AF%BD%B8
0004１３２人目の素数さん
2011/01/11(火) 11:56:09RはShemeのような継続がないので全く同じ動作は再現できないと思います。
しかしベクトルの外積を使えば複数のambを組み合わせるのと似た事ができます。
独習 Scheme 三週間 Chapter 14 非決定性 （Schemeのamb）
http://www.sampou.org/scheme/t-y-scheme/t-y-scheme-Z-H-16.html
R言語
http://ja.wikipedia.org/wiki/R%E8%A8%80%E8%AA%9E
ベクトルに関する Tips 大全
http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A5%D9%A5%AF%A5%C8%A5%EBTips%C2%E7%C1%B4
0005１３２人目の素数さん
2011/01/11(火) 12:29:53Rを単体で利用している人にはパッケージ不足な代用品にすぎませんが、
JavaアプリにはJVM系言語で書かれたIncanterの方が組み込みやすいです。
Incanter
http://incanter.org/
Data Sorcery with Clojure
http://data-sorcery.org/
naoya_t@Incanter
http://sites.google.com/site/incanterja/
0006１３２人目の素数さん
2011/01/12(水) 09:20:460007１３２人目の素数さん
2011/01/12(水) 12:40:29Incasterのトップページにこういう意味の文が載っています。
「Incanterは動的型付けの関数型言語であるClojureのパワーと、
データアクセスと処理と視覚化のためのJVM上の豊富なライブラリを利用します」
IncasterはSchemeでは成立しないでしょう。
Clojureをつくったわけ by Rich Hickey
http://www.geidai.ac.jp/~marui/clojure/rationale/
>なぜ私は新しいプログラミング言語を書いたのだろうか。
>次のような特徴を持つ言語が見つからなかったから、という理由からだ。
> * 並行処理のために設計された
> * 定評のあるプラットフォームと相性がよい
> * 関数型プログラミングのための
> * Lisp。
> 1.2 関数型プログラミングは良いものだ
> * Clojureは動的型付けをする関数型言語
> o すべてのデータ構造がイミュータブルで永続的、再帰をサポート
> o ヘテロジニアス(異種混合)なコレクション、戻り型
> o 動的な多態性(ポリモーフィズム)
0008１３２人目の素数さん
2011/01/12(水) 12:44:30○Incanter
0009１３２人目の素数さん
2011/01/19(水) 23:45:18http://kamome.2ch.net/test/read.cgi/math/1224142396/527
> 527 ：１３２人目の素数さん [↓] ：2010/02/18(木) 17:43:21
> >>526
> ・スレッドのレス数が10以下
> ・レスが一週間書き込まれていない
> 二つの条件が満たされるとスレッドが沈むので
> そうならないようにしておけば沈まないよ
∧∧ ミ ＿ ドスッ
( ,,)┌─┴┴─┐
/ つ. 保 守 │
〜′ /´ └─┬┬─┘
∪ ∪ ││ _ε３
゛゛'゛'゛
0010１３２人目の素数さん
2011/01/25(火) 22:44:230011１３２人目の素数さん
2011/01/26(水) 10:54:150012１３２人目の素数さん
2011/01/26(水) 17:48:00他にいい方法知ってる人いたらおせえて
0013１３２人目の素数さん
2011/01/29(土) 03:04:25初歩的な質問でしたらすいません、教えていただける方宜しくお願いします。
0014１３２人目の素数さん
2011/02/06(日) 00:18:480015１３２人目の素数さん
2011/02/06(日) 00:40:42http://www.amazon.co.jp/dp/4901683500/
この本の14章あたりにあるよ
.Machine に浮動小数点演算関連定数のリストが収められてる
0016１３２人目の素数さん
2011/02/13(日) 06:47:34pdfなら、日本語関連を最後にまとめて、直前にpar(family=Japan1など)でいけるのですが・・・
0017１３２人目の素数さん
2011/02/15(火) 22:46:52単回帰についてですが、データフレームの一列目に被説明変数が格納されており、
残りの列に説明変数が格納されています。
各説明変数を用いて単回帰を行いたいのですが、いちいち変数を指定するのが面倒です。
apply関数を利用しようと思ったのですがうまくいきません。
何か良い方法がありますでしょうか？
0019１３２人目の素数さん
2011/02/18(金) 00:46:45データフレームが縦横逆になっているということですか？
それなら関数t()を使えば通常のデーター形式になると思いますが。例えば
#irisデータを表示
iris
#縦と横が逆
t(iris)
#もう一度やると元に戻る
t(t(iris))
0020１３２人目の素数さん
2011/02/18(金) 16:26:08線形回帰法ないのでしょうか
0021１３２人目の素数さん
2011/02/22(火) 14:38:21.11関数（変数１ 〜 変数２）
なんて使い方です
0022１３２人目の素数さん
2011/02/25(金) 18:20:32.50glmを使い，説明変数の数を変えて複数のモデルを作りました。
複数モデルの中から最もあてはまりの良いものを知りたいので
AICを比較しようと考えたのですが，AICがInfとなり，表示してくれませんでした。
使っているソフトはRです。
AICが非常に小さいくて（おそらく２以下？）表示されないと考えているのですが，
これでは比較できません。
対処法をご存じの方がいらっしゃいましたら，教えていただきたく存じます。
0023１３２人目の素数さん
2011/02/26(土) 08:00:23.96ttp://ito-hi.blog.so-net.ne.jp/2011-02-06
「パッケージの依存関係を解決」にチェックしてインストールすると
虹色ぐるぐるでインストールされません
何が問題だと考えられますか？
環境は
iMac
Mac OS X 10.6.6
Intel Core 2 Duo
2.66 GHz
R 2.12.1
0024１３２人目の素数さん
2011/02/28(月) 14:43:10.70foo.bar
と . でくぎられた名前があるのですが
Rにもc++みたいなclassがあるのでしょうか
0025１３２人目の素数さん
2011/03/01(火) 17:49:13.03lmをransacで繰り返し呼んだら？
0026１３２人目の素数さん
2011/03/02(水) 03:00:19.18>何が問題だと考えられますか？
自己解決力もないのにマイナーな環境で動かす冒険心。
0027１３２人目の素数さん
2011/03/02(水) 03:29:20.55確かにその冒険心は問題だわねｗ
0028１３２人目の素数さん
2011/03/03(木) 17:19:55.02RANSAC
ないのは、そのぐらい自分で作れってことなの？
lm繰り返し呼べばいいだけなんだけど
0029１３２人目の素数さん
2011/03/06(日) 11:25:08.31R を呼び出すとメッセージが英語になる。
Terminal.app から R を呼んだ時は日本語表記なんだけど、
ESS 内でも日本語メッセージ使わせるためには何か設定が必要?
0030１３２人目の素数さん
2011/03/06(日) 17:28:12.08003129
2011/03/07(月) 10:57:20.97init.el では (set-language-environment 'Japanese) になってる。
ためしに、Terminal から明示的に LANG=ja_JP.UTF-8 emacs & で Emacs を
起動するとメッセージが日本語になった。
デフォルトで Emacs が LANG=C で起動されている??
0032１３２人目の素数さん
2011/03/08(火) 19:58:24.45模試の大学合否判定って、A判定が80％以上、E判定が20％未満だな。
97.5％以上とか2.5％以下とかにしないのはなぜなんだろう。
0033１３２人目の素数さん
2011/03/08(火) 20:05:19.440034１３２人目の素数さん
2011/03/08(火) 20:27:35.03受験者数と合格者数を考えてみれば
003532
2011/03/08(火) 21:28:41.29p値が5％以下じゃないとモデルとして不適切などという手法ではないのでしょうね。
0036１３２人目の素数さん
2011/03/11(金) 11:14:42.550037１３２人目の素数さん
2011/03/16(水) 18:58:17.39筑波のCRANは停電というより地震による直接被害で、電気はきていますが、
漏水がひどい建物にあるので念のため落としています。 -- 岡田 2011-03-16 (水) 10:27:28
0038１３２人目の素数さん
2011/03/17(木) 18:18:07.470039１３２人目の素数さん
2011/03/23(水) 14:38:52.94連想リストのことなの？
0040１３２人目の素数さん
2011/03/24(木) 18:04:13.33?formula
>>22
Infになるなら、そもそもモデルが不適切
>>24
?class
>>31
R環境の中からLANGを変更できるよ
>>36
誰も統計を取っていないが、昔はEmacs以外の選択肢が事実上なかった
>>39
全然違う
全レスって嫌われるのかなぁ
0041１３２人目の素数さん
2011/03/24(木) 18:46:14.980042１３２人目の素数さん
2011/04/11(月) 08:54:06.06kernlab の中の SVM 関数 ksvmを使っているのですが、
例えばkernlab の中spamを分類すると、決定関数にsign関数で
符号化されて「spam」か「nonspam」の2値で結果が出力されます。
これを2値に符号化される前の決定関数で出力する方法はあるのでしょうか。
どなたかご存知の方はいらっしゃるでしょうか。
0043１３２人目の素数さん
2011/04/12(火) 16:56:34.83今の所特に日本語周りの不具合は無し
というわけで不要になったTinn-Rをアンインスト
NppToRは窓配置フリーが便利なのでとりあえず残しておく
0044１３２人目の素数さん
2011/04/12(火) 17:16:53.99Windows版ではそうかもしれないが、MacOSXとUbuntuでは
完全に対応していない。
004544
2011/04/13(水) 09:55:41.26MacOSXで、問題があった日本語変数名も使えるようになった。
> Sys.getlocale()
[1] "C/en_US.UTF-8/C/C/C/C"
こんな感じだけど。
Ubuntu amd64の方も、エディタ部分で日本語が怪しかったけど、
これも直った感じ。
0046１３２人目の素数さん
2011/04/13(水) 17:17:16.150047１３２人目の素数さん
2011/04/15(金) 20:26:39.00遅延評価Ｃで書くのすごい大変なのに
どうやってるんだろう
0048１３２人目の素数さん
2011/04/19(火) 11:28:58.25tar tf R-2.13.0.tar.gz | grep -oE '\.[a-z0-9]*$' | sort |uniq -c | sort -gr |head
599 .c
240 .h
194 .po
169 .mo
94 .in
87 .afm
52 .win
50 .save
45 .f
27 .gmo
RjpwikiのQ&A(初心者コース)に書き込んだmichiさんはこっちに来ないのかな。
0049１３２人目の素数さん
2011/04/27(水) 15:52:48.74Nattyまだこないね。
0050１３２人目の素数さん
2011/04/27(水) 21:40:58.88このソフトpropensity scoreを用いて解析をするときの参考になるサイトや書籍がありましたら教えてください。
0051１３２人目の素数さん
2011/04/27(水) 23:20:30.27おっ、同業者か。
nonrandomパッケージのVignettesを読まれてはいかが。
また、疫学のSIGのMLもあるので、参加されてはどうか。
ttps://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-sig-epi
0052１３２人目の素数さん
2011/04/28(木) 13:47:23.33ありがとございます。
この休みにでもRのインストールからはじめてみます。
スレ違いかもしれませんが、propensity scoreを用いたマッチングでの解析を行うのに適したソフトは何でしょうか？
0053１３２人目の素数さん
2011/04/28(木) 13:50:34.33nonrandomパッケージのVignettesを読んでからもう一度質問してください。
ttp://cran.r-project.org/web/packages/nonrandom/vignettes/nonrandom.pdf
0054１３２人目の素数さん
2011/04/28(木) 17:38:07.68ありがとうございます。
0055１３２人目の素数さん
2011/04/30(土) 09:11:31.24ttp://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/
0056１３２人目の素数さん
2011/04/30(土) 13:11:01.00Releaseのファイルサイズが0でまだ使えないね
$ w3m -dump http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/natty/ |grep -oE '[a-zA-Z0-9_\.-]*amd64\.deb'
littler_0.1.3-1natty0_amd64.deb
python-rpy_1.0.3-17natty0_amd64.deb
python-rpy_1.0.3-18natty0_amd64.deb
r-base-core-dbg_2.13.0-1natty0_amd64.deb
r-base-core_2.13.0-1natty0_amd64.deb
r-cran-class_7.3-3-1natty0_amd64.deb
r-cran-cluster_1.13.3-1natty0_amd64.deb
r-cran-foreign_0.8.44-1natty0_amd64.deb
r-cran-kernsmooth_2.23-4-1natty0_amd64.deb
r-cran-lattice_0.19-26-1natty0_amd64.deb
r-cran-mass_7.3-11-1natty0_amd64.deb
r-cran-matrix_0.999375-50-1natty0_amd64.deb
r-cran-mgcv_1.7-6-1natty0_amd64.deb
r-cran-nlme_3.1.100-1natty0_amd64.deb
r-cran-nnet_7.3-1-1natty0_amd64.deb
r-cran-rodbc_1.3-2-1natty0_amd64.deb
r-cran-rpart_3.1.50-1natty0_amd64.deb
r-cran-spatial_7.3-2-1natty0_amd64.deb
r-cran-survival_2.36-8-1natty0_amd64.deb
r-mathlib_2.13.0-1natty0_amd64.deb
今あるパッケージはこれだけ。
0057１３２人目の素数さん
2011/05/03(火) 20:04:04.55すでにデータAを学習したネットワークにさらに別のデータBを学習させるにはどうすればいいのでしょうか？先にAとBを結合して読ませるのは時間がかかるために困っています。
他のパッケージなら出来るという情報もお待ちしています。
0058１３２人目の素数さん
2011/05/05(木) 21:13:39.01MySQLに返しつつ、gnuplotで描画しようと思っています
RubyとかからMySQL、R、gnuplotを操作すべきか、
RからMySQLとgnuplotを操作すべきかで迷ってます
みなさんならどんな風にしますか？
0059１３２人目の素数さん
2011/05/06(金) 13:30:23.98このスレ的には、Rの中からMySQLにアクセスして、
Rで描画する方向が第一選択だよな。
Rのグラフィック能力とgnuplotってほぼ同等と思っていたけど、
Rを使っているのにgnuplotを加えて使うのは理由は？
>>57
反応がないから、Rjpwikiの方に書かれてはいかが。
私はnnetパッケージを使わないので分からない。
0061１３２人目の素数さん
2011/05/06(金) 23:00:08.59Rで描けるようになればR+MySQLなのでシンプルでいいですね。
ちょっとやってみます。ありがとうございました。
0062１３２人目の素数さん
2011/05/09(月) 23:39:55.72y_n<-60
n<-100
posterior<-((pi^y_n)*(1-pi)^(n-y_n))/beta(y_n+1,n-y_n+1)
の95％信頼区間を求めたいんですがその関数がよくわからないです誰かわかる人いらっしゃいますか？
0063１３２人目の素数さん
2011/05/10(火) 09:08:37.12Bayesian credible intervalは信頼区間じゃないよ
0064１３２人目の素数さん
2011/05/10(火) 15:28:06.310065１３２人目の素数さん
2011/05/14(土) 21:58:27.95だと上手く出力されないのはどうしてでしょう？
素人の質問ですみません
0066１３２人目の素数さん
2011/05/14(土) 22:42:04.29> sprintf("%s", ticker[,1])
> sprintf("%s", ticker[1:5,1])
> as.character(ticker[,1])
> as.character(ticker[1:5,1])
などと1行で書くのがR流じゃないかと。
ループ使った場合でも
> for (i in 1:5) {a[i]<-sprintf("%s", ticker[i,1])}
> a
とやれば配列aが表示される。
0067１３２人目の素数さん
2011/05/15(日) 17:30:01.07for文の中ではprint()が必要です。
for (i in 1:5) {print(sprintf("%s", ticker[i,1]))}
普通は>>66の言うとおり、
as.character(ticker[1:5,1])だけどね。
0068１３２人目の素数さん
2011/05/25(水) 00:02:27.53それぞれの20個のデータの平均値と標準偏差を求めるプログラムstatsample(m,data)を作成する。
プログラムソースが分かる人は教えてください。
0069１３２人目の素数さん
2011/05/25(水) 09:29:38.65とりあえず、たたき台を示すので、データ数が20で割り切れないをどうするのかを
考えて、その処理を入れて、その他のエラー処理を入れたら完成だと思う。
statsample <- function(x){
n <- length(x)
m <- floor(n/20)
for (i in 0:(m-1)){
print(paste("平均値:",mean(x[(1+i*20):((i+1)*20)]),"標準偏差",sd(x[(1+i*20):((i+1)*20)])))
}
}
> statsample(runif(100))
[1] "平均値: 0.409618140733801 標準偏差 0.284202820077949"
[1] "平均値: 0.449437574110925 標準偏差 0.286492195081962"
[1] "平均値: 0.555866089393385 標準偏差 0.26665116632303"
[1] "平均値: 0.28123870670097 標準偏差 0.226341301484355"
[1] "平均値: 0.503801094950177 標準偏差 0.282596081360767"
0070１３２人目の素数さん
2011/05/25(水) 19:42:32.88datamatrix<-matrix(data,20,length(data)/20)
apply(datamatrix,2,mean)
apply(datamatrix,2,sd)
とやるのが普通じゃないか。
データ数が20で割り切れない場合のwarningも表示されるし。
0071１３２人目の素数さん
2011/05/25(水) 19:45:58.57このシュミレーションを行うために、不良品率ｘ％でn個のサンプルの中に不良品を発生させるプログラムsampling(x,y)を以下の手順で作成する。
(1)不良品の出現確率ｘ/100とする。発生させた一様乱数がｘ/100より小さければ、不良品(1)、そうでなければ、良品(0)とする。
(2)不良品出現確率ｘ/100とした試行をn回繰り返し、不良品が出現した場合の数を求める。
その数がsampling(ｘ,n)の出力とする。
以下の手順をプログラムし、関数sampling(ｘ,n)を作る。
誰か教えてください。
0072１３２人目の素数さん
2011/05/25(水) 21:51:26.020073１３２人目の素数さん
2011/05/26(木) 00:30:46.840074１３２人目の素数さん
2011/05/26(木) 01:25:55.190075１３２人目の素数さん
2011/05/26(木) 09:18:07.75宿題？
ヒントだけ
> runif(10) < 5/100
[1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE TRUE
0076１３２人目の素数さん
2011/05/26(木) 22:53:09.940077１３２人目の素数さん
2011/05/31(火) 02:28:47.96見ようとしたら、
.Internal( sample....
となってて、中身が見えません。
他の言語で作成しているのだろうと思いましたけど、
sample関数のソースって、どこにあるんでしょうか？
0078７７
2011/05/31(火) 02:32:14.67CRANからソースを取得しました。
0079あんでぃは非存在 ◆AdkZFxa49I
2011/06/06(月) 14:26:34.020080１３２人目の素数さん
2011/06/07(火) 04:41:09.160081１３２人目の素数さん
2011/06/07(火) 22:07:44.630082１３２人目の素数さん
2011/06/07(火) 22:18:53.870083１３２人目の素数さん
2011/06/17(金) 13:02:41.63株価の日次データが数年分あるんですが
グラフのX軸の目盛りを年次にしたい場合はどうすればいいでしょう？
0084１３２人目の素数さん
2011/06/17(金) 13:23:39.86a <- ts(1:2000,start=c(2011,6),frequency=365)
plot(a)
0085１３２人目の素数さん
2011/06/17(金) 13:35:41.47早速のレスありがとうございます
株など営業日がある場合どうすればよろしいでしょうか？
祝日や年末年始などありますし
0086１３２人目の素数さん
2011/06/17(金) 13:52:29.96xtsパッケージのドキュメントを眺めてから再質問してください。
ttp://cran.r-project.org/web/packages/xts/
日本語が必要なら、Rパッケージガイドブック pp.130-137
0087１３２人目の素数さん
2011/06/17(金) 13:59:31.54ありがとうございます。
パッケージガイドブックを買ってこようと思います。
これとR-tipsで頑張ります
0088１３２人目の素数さん
2011/06/23(木) 16:49:30.620089あんでぃはストーカー ◆AdkZFxa49I
2011/06/23(木) 21:21:17.460090１３２人目の素数さん
2011/06/24(金) 09:20:34.16と書くと
2011/06
と出力されるけど、幅を節約して
11/06
とするにはどうすれば?
0091１３２人目の素数さん
2011/06/24(金) 09:22:44.15%y だ
0092１３２人目の素数さん
2011/06/24(金) 10:43:36.69そのあたりは共通だから覚えておいて損はないよ。
> format(Sys.Date(),"%Y")
[1] "2011"
> format(Sys.Date(),"%y")
[1] "11"
> format(Sys.Date(),"%EY")
[1] "平成23年"
> format(Sys.Date(),"%Ey")
[1] "23"
0093１３２人目の素数さん
2011/06/24(金) 12:32:27.69なんでEが平成なんだろう
0094１３２人目の素数さん
2011/06/24(金) 13:01:48.18マニュアルには、
%E Modifier: use alternative format
と書いてあるよ。つまり日本語ローケルだと、日本語化した形式にするという意味。
>>92を書き込んだ後、MacOSXとWindowsで試してみたが、
どちらも和暦にならなかった。GNUだけかも。ヘルプには環境依存って書いてあるしね。
0095あんでぃはストーカー ◆AdkZFxa49I
2011/06/24(金) 16:34:26.88あんでぃ
0096R入門
2011/06/26(日) 00:02:26.05Rについても勉強したいと思っています。
Rのサイトをみると、結構、「使い方」的なサイトが多く、
汎用言語の視点から書かれた、サイト、本が少ない(？)ような気がします。
たとえば、ほかの言語と比較しながら書かれたような
本、サイトなどあれば、教えていただきたいのですが。
ありますでしょうか。
0097１３２人目の素数さん
2011/06/26(日) 00:19:39.460098１３２人目の素数さん
2011/06/26(日) 01:03:33.08Rの基礎とプログラミング技法
http://www.amazon.co.jp/dp/4431712186
http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20090331/p2
Rと他の言語を比較した本は知りませんが、
汎用言語としてのR言語を勉強するならこの本がお勧めです。
0099１３２人目の素数さん
2011/06/27(月) 09:37:34.48そういえば、Rユーザ会で、韓国から来た演者が汎用言語の視点から、Rの問題点などを
発表していたな。興味がなかったので内容は覚えていない。
汎用言語の視点で書かれた書籍はないと思う。
しいてあげるなら、>>98が薦めるリゲスさんの本しかない。
010085
2011/07/04(月) 10:41:00.37xtsをインストールしたんですが
データフレームをxtsにコンバートできません。
> x.xts<-as.xts(x)
以下にエラー as.POSIXlt.character(x, tz, ...) :
character string is not in a standard unambiguous format
Zooオブジェクトに経由させることもできません
> x.xts<-as.xts(read.zoo(x))
以下にエラー xts(coredata(x), order.by = order.by, frequency = frequency, :
order.by requires an appropriate time-based object
データフレームの中身は
日付 株価
20040101 1500
20040102 1450
といった具合に２列のデータなのですが？
0101１３２人目の素数さん
2011/07/04(月) 11:05:02.37ここに書くのではなくて、
それを書いた人に凸してみたら？
> library(xts)
要求されたパッケージ zoo をロード中です
> dat <- data.frame(日付=c(20040101,20040102),株価=c(1500,1450))
> dat
日付 株価
1 20040101 1500
2 20040102 1450
> as.xts(dat)
以下にエラー as.POSIXlt.character(x, tz, ...) :
character string is not in a standard unambiguous format
> rownames(dat) <- c("2004-01-01","2004-01-02")
> as.xts(dat)
日付 株価
2004-01-01 20040101 1500
2004-01-02 20040102 1450
まぁ、参考になれば。
0102１３２人目の素数さん
2011/07/14(木) 14:34:30.11相補誤差関数 erfc を qnorm 関数から定義すると、 qnorm が実数に対してしか定義されていないためエラーになってしまいます。
0103１３２人目の素数さん
2011/07/15(金) 02:10:37.99＞ 汎用言語の視点から書かれた、サイト、本が少ない(？)ような気がします。
Rの本を書いているのは、大学の先生が多いからね。
そして、大学の先生ってのはコンピュータのことや、
プログラミングのことをわかってないから。
Rの使い方だけの説明になってしまうのは
しかたがないと思いますよ。
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