【R言語】統計解析フリーソフトＲ 第４章【GNU R】
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0001１３２人目の素数さん
2011/01/09(日) 17:31:49統計計算で重宝するデータ型や、複数要素を処理する演算や関数、
解析結果を表示するグラフィックなど、多彩な機能を提供します。
●関連サイト
The R Project
http://www.r-project.org/
RjpWiki
http://www.okada.jp.org/RWiki/
リンク集
http://www.okada.jp.org/RWiki/?%A5%EA%A5%F3%A5%AF%BD%B8
0186１３２人目の素数さん
2011/10/26(水) 07:28:10.01それは、R以前の問題として、不適切だと思うのですが。
あるいは駄目な例としてやるってことかな？
二元配置の分散分析か、何らかの多重比較ではだめなんでしょうか？
0187１３２人目の素数さん
2011/10/31(月) 21:41:20.58＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
AAAAA 122 NA 2.5 3.8 NA
AAAAA 154 2.4 1 4 5
AAAAA 166 3.4 4.0 4 5
AAAAA 178 NA 33 NA NA
・
・
BBBBB 122 4 3.4 4.3 1
BBBBB 123 NA 2 4 4
BBBBB 154 2 5 5 6
・
・
というようなデータをもつデータフレーム
これをCODE_2毎に相関を算出したいと考えております。
現在は
allcode <- sort(unique(DF$CODE_2))
for ( c_code in 1:length(allcode)) {
TEMPDF <- subset(DF, DF$CODE_2==allcode[c_code])
cor(TEMPDF[, -1][, -1], use = "pairwise.complete.obs")
・・・
}
でおこなっているのですが、いかんせんCODE_2の数が多く、
ループ数が非常におおくなります。
解決策などありますでしょうか？
よろしくお願いします
0188１３２人目の素数さん
2011/11/01(火) 08:20:00.30code_2を因子化、tapply cor
0189１３２人目の素数さん
2011/11/01(火) 10:39:24.41でいいんじゃないの？
0190１３２人目の素数さん
2011/11/01(火) 11:23:41.66>>187じゃないけど、by()ってこんなに便利だったのか。
> V=c(NA,round(runif(10)*10,1))
> dat <- data.frame(C1=sample(LETTERS,50,replace=TRUE),
+ C2=sample(100:105,50,replace=TRUE),
+ V1=sample(V,50,replace=TRUE),
+ V2=sample(V,50,replace=TRUE),
+ V3=sample(V,50,replace=TRUE),
+ V4=sample(V,50,replace=TRUE))
> by(dat[,3:6],dat$C2,cor)
dat$C2: 100
V1 V2 V3 V4
V1 1 NA NA NA
V2 NA 1 NA NA
V3 NA NA 1 NA
V4 NA NA NA 1
------------------------------------------------------------
dat$C2: 101
V1 V2 V3 V4
V1 1 NA NA NA
V2 NA 1 NA NA
V3 NA NA 1.0000000 -0.4458286
V4 NA NA -0.4458286 1.0000000
------------------------------------------------------------
dat$C2: 102
V1 V2 V3 V4
V1 1.0000000 NA 0.1731169 NA
V2 NA 1 NA NA
V3 0.1731169 NA 1.0000000 NA
V4 NA NA NA 1
[以下略]
0191１３２人目の素数さん
2011/11/01(火) 11:47:20.47すまんこれ教えてくれ
0192１３２人目の素数さん
2011/11/01(火) 12:23:35.93見れねーよ
0193１３２人目の素数さん
2011/11/01(火) 12:26:19.61九行九列で
0194１３２人目の素数さん
2011/11/01(火) 13:07:16.47宿題は自分でやれ。
無意味な課題であることには同情するが。
0195１３２人目の素数さん
2011/11/01(火) 13:36:14.59> x <- array(0, c(9, 9))
> x[1 + 0:(9 - 1) * (9 + 1)] <- c("九","行","九","列","の","対","角","行","列")
> x
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8] [,9]
[1,] "九" "0" "0" "0" "0" "0" "0" "0" "0"
[2,] "0" "行" "0" "0" "0" "0" "0" "0" "0"
[3,] "0" "0" "九" "0" "0" "0" "0" "0" "0"
[4,] "0" "0" "0" "列" "0" "0" "0" "0" "0"
[5,] "0" "0" "0" "0" "の" "0" "0" "0" "0"
[6,] "0" "0" "0" "0" "0" "対" "0" "0" "0"
[7,] "0" "0" "0" "0" "0" "0" "角" "0" "0"
[8,] "0" "0" "0" "0" "0" "0" "0" "行" "0"
[9,] "0" "0" "0" "0" "0" "0" "0" "0" "列"
２行目をfor文に書き換えればOK
0196１３２人目の素数さん
2011/11/01(火) 21:38:31.87n=9;matrix(rep(rep(c(1,0),c(1,n)),n),n,n)
0197１３２人目の素数さん
2011/11/01(火) 22:18:26.30それは多分、定石に近いやり方だと思う。
APLでは同じロジックで以下のように書く。
n nρ1,(n←9)ρ0
0198１３２人目の素数さん
2011/11/02(水) 01:29:13.55かしこいな
0199１３２人目の素数さん
2011/11/02(水) 10:30:18.51rep()の回数にベクトルを指定できるとは知らなかった。
昔からだったっけ？repのexample()を見たら、listのrepとかがある。
もはや何でも有りだなw
0200１３２人目の素数さん
2011/11/02(水) 15:09:25.23> n=3;matrix(c(1,rep(0,n)),n,n)
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 0 0
[2,] 0 1 0
[3,] 0 0 1
Warning message:
In matrix(c(1, rep(0, n)), n, n) :
データ長 [4] が行数 [3] を整数で割った、もしくは掛けた値ではありません
0201１３２人目の素数さん
2011/11/02(水) 18:35:46.710202１３２人目の素数さん
2011/11/02(水) 20:41:59.14そこでWarning出るところにRの設計思想があるのかも。
Rの源流に触れるつもりでAPLの教科書を読んだんだけど、
初っぱなのサンプルでこんな事やっているから
((￣1+ρc),27)ρc←'APL IS HAPPY '
APL IS HAPPY APL IS HAPPY A
PL IS HAPPY APL IS HAPPY AP
L IS HAPPY APL IS HAPPY APL
IS HAPPY APL IS HAPPY APL
IS HAPPY APL IS HAPPY APL I
S HAPPY APL IS HAPPY APL IS
HAPPY APL IS HAPPY APL IS
HAPPY APL IS HAPPY APL IS H
APPY APL IS HAPPY APL IS HA
PPY APL IS HAPPY APL IS HAP
PY APL IS HAPPY APL IS HAPP
Y APL IS HAPPY APL IS HAPPY
0203１３２人目の素数さん
2011/11/02(水) 20:45:02.50> ((￣1+ρc),27)ρc←'APL IS HAPPY '
こっちが本来だった。
(12,1+2×ρc)ρc←'APL IS HAPPY '
0204１３２人目の素数さん
2011/11/03(木) 02:20:32.860205187
2011/11/03(木) 09:38:31.29遅くなって申し訳ありませんがありがとうございました。
byを使ってかなり高速化することができました。
ところでbyを使って取得すると
$AAAAA
VAL1 VAL2 VAL3 VAL4
VAL1 1.000 xxxx yyyy zzzzz
VAL2 ....
となりますがすべてのCODE2についてVAL1とVAL2~VAL4の相関のみを取り出すには
どうすればよいでしょうか?
byの返り値をresultとすると
for (i in 1:length(names(result))
result[[i]][ , 2:4]
}
とループを回すしかありませんか?
よろしくお願いします
0206１３２人目の素数さん
2011/11/03(木) 10:38:07.92どんだけforが好きなんだよw
forの方がむしろ思いつかんわ
0207１３２人目の素数さん
2011/11/03(木) 16:14:38.08forever are you
0208１３２人目の素数さん
2011/11/04(金) 00:56:32.12result[[1:n]][ , 2:4]
ってやったらどうなりますか？
0210１３２人目の素数さん
2011/11/06(日) 16:00:11.33膨大なデータから、-1と1を判別して予測する集団学習で
ランダムフォレスト、バギング、ブースティング、SVMの他に有用そうなものってありますか？
ググっても上の4つくらいしか出ないのですが十分ですかね。
0211１３２人目の素数さん
2011/11/06(日) 22:20:02.20もうちょっとグラフィックとかマシなのある？Mac使いとしはやっぱ見た目は重要。
0212１３２人目の素数さん
2011/11/07(月) 00:01:59.45Rはオブジェクト指向言語、BASIC、C、C++と比べて遥かに使いやすいし現実的な数値計算で使える。
＃Excelと比較してC言語は地味でしょぼい
と嘆かれても困ったもんだ。RはExcelやNumbersとは用途が違う。
但し、重複する所もある。
具体的にはExcelのオプションの分析機能はRの機能と重なる。
使い分けが必要なんだな。
0213１３２人目の素数さん
2011/11/07(月) 00:06:22.28え？マジで言ってるとしたら勉強不足としか思えないのだが・・・
フォントを代えるなり、latticeやggplot2等のパッケージを試してみるといいよ
参照：ttp://rgm2.lab.nig.ac.jp/RGM2/
これは蛇足だが、学術ソフトの画像出力として「味気ない」というのは明らかに利点
大事なのは見易さと正確性であって、派手なグラフが良いとか考えていると周りから痛い子扱いされるよ
0215１３２人目の素数さん
2011/11/07(月) 00:25:08.30http://cwoweb2.bai.ne.jp/~jgb11101/files/R-commander.pdf
優れている点はR Commanderのメニューが
データ、統計量、グラフ、モデル、分布
に分かれているのだけれど、これって数学的な"分析"の手順に沿ったメニュー構成になっている事に気が付く。
ディープな分析をしたい時はRを使うし、事務的な作業をしたい場合はExcelを使う。
世の中の大半はExcelで十分だと思う。Rを使いこなせる人たちは高級な。
0216１３２人目の素数さん
2011/11/07(月) 02:59:23.82実にしょぼい
0217１３２人目の素数さん
2011/11/07(月) 03:00:31.750218１３２人目の素数さん
2011/11/07(月) 07:58:28.74それでは分析する価値は無い。
例えば、ロジスティック回帰分析の場合、入力は膨大でもアウトプットはyesかno程度だよ。
まあ、派手なグラフィックパッケージを探したら？あるんじゃないの？
0219１３２人目の素数さん
2011/11/07(月) 10:47:44.35趣旨には賛同する。
> ロジスティック回帰分析の場合、入力は膨大でもアウトプットはyesかno程度
おーい。凡ミスか本気でそう思っているのかどっちだ？
0220１３２人目の素数さん
2011/11/07(月) 12:18:25.23なぜ結果がグラフィカルというだけで本質が掴めてるとは言えないの？
結果は変わらないだろうにww
あなた自身が本質を掴めてないのではww
0221１３２人目の素数さん
2011/11/07(月) 14:01:31.17横から参戦させてもらうが、そもそもデータ分析の目的は、
データに含まれる枝葉末節を取り除き、データの中に隠れている本質を洗い出すことにある。
苦労して洗い出した本質にまた余計なものを加えて汚すのはこれ如何に？
0222１３２人目の素数さん
2011/11/07(月) 16:20:49.990223１３２人目の素数さん
2011/11/07(月) 18:42:59.29リゲス先生が詳しいと思うよw
0225187
2011/11/07(月) 23:10:40.47必要な要素だけを取り出すようにしました。
ループをまわさないのでだいぶ高速化されました。
ありがとうございまいた。
0226218
2011/11/07(月) 23:13:34.77>なぜ結果がグラフィカルというだけで本質が掴めてるとは言えないの？
誤解があったようですまない。
別に可視化(グラフィカル)の研究分野を否定しているわけではないよ。
人間の目で見て確認するのは結構有効なんだよね。
一例を探してみました。
次のURLの画像を見てもらいたいのだけれど
http://www-kairo.csce.kyushu-u.ac.jp/~norikazu/svm.png
左側の２次元平面上の青と赤の点を"シンプルな人工知能"で判別する事はできないんだ。
ところがSVM(サポートベクターマシン)と呼ばれる人工知能を用いるとこれを右側の３次元の問題に置き換える事で判別できるようにするんだ。
こういう判別ができているのか？出来ていないのか？は人間の目で判断して使い分けた方が良い場合がある。
だから可視化は一つの研究分野として重視されているんだ。
0227218
2011/11/07(月) 23:20:49.19>>221 さんの主張にあるようにR使いの人たちは大体、数百次元のデータから4次元や5次元位に絞り込む。
でもグラフィカルの世界では基本的に3次元(z軸,y軸,z軸)が限界なんだよね。
4次元以上は色や形に置き換えて可視化する事になる。そうなると実は分かりにくいんだよ。
先のURLの人工知能の例でも所詮2次元から3次元へ問題を置き換えているに過ぎない。
分析の世界をまじめに可視化するとかなりハードルが高くなるんだよね。
勿論、高次元を可視化する手法としてSOMという方法も存在するよ。
0228１３２人目の素数さん
2011/11/08(火) 09:30:33.830229１３２人目の素数さん
2011/11/08(火) 09:45:20.37データの可視化の話と、派手なグラフィックで装飾する話は別の話だと思うが。
0230218
2011/11/08(火) 22:42:06.35ああ、そうなのか。まじめに答えちまったい(^_^)。
でもn次元を2次元に強引にマッピングして可視化するSOMって人間が感覚的にデータの善し悪しを判断する時に結構使えると思うんだよね。
まあ、いいや。
0231１３２人目の素数さん
2011/11/09(水) 09:17:28.99データで相手を説得することに意義を感じるビジネスマンは、
相容れないと思うんだ。円グラフを立体化して一部を切り出したり、
棒グラフを無意味に立体化したり、グラデーションで彩色したりというのは、
ビジネスマンに必要かも知れないけど、研究者には必要がない。
0232１３２人目の素数さん
2011/11/09(水) 22:27:50.28MySQLからデータを取得し、データフレームに読み込ませたいのですが、
日付時刻のカラムがあり、どう読み込ませるのか分からず困っています。
-----
Updated [TAB] Rate
2011-11-08 15:03:00 [TAB] 77.645
2011-11-10 02:04:00 [TAB] 77.6255
2011-11-09 08:03:00 [TAB] 77.585
-----
単にread.tableでは読み込めませんでした。
Rは初めて使うので基礎的な事しかわかりませんが、どうかご教授ください。
0233１３２人目の素数さん
2011/11/10(木) 15:56:58.04直にMySQLならデータベースに直にSQLアクセスするパッケージを使う必要があるのでは？RODBCだっけ？
テキストに書き出して読み込むなら、read.tableがつかえると思けど時間が混じると読み込んでから変換が必要だと思う。
いずれも、Rデータ自由自在に書いてあると思う
0234１３２人目の素数さん
2011/11/15(火) 11:15:58.60２．a=1000:1を作成してこれを昇順に並び替えなさい。
３．A=matrix(400:1,20,20)を作成し、この行列を第1列の値が昇順に並ぶように行を並び替えなさい
0235１３２人目の素数さん
2011/11/15(火) 11:16:21.600236１３２人目の素数さん
2011/11/15(火) 14:26:46.90また宿題か。
まさか試験中に書き込んでる？
0237１３２人目の素数さん
2011/11/15(火) 22:14:50.47> １．i行j列成分がi^2+j^3で与えられる10行10列の行列をfor文を用いて作りなさい。
しかし、Rでfor文ってその教授はバカじゃないの？
常識的に
outer((1:10)^2,(1:10)^3,'+')
ってやるものじゃないのか？
0238１３２人目の素数さん
2011/11/16(水) 00:17:57.031. a <- matrix(0, 10, 10); for (i in 1:10) {for (j in 1:10) {a[i, j]=i^2+j^3}}
2. rev(a)
3. A[20:1,]
0239１３２人目の素数さん
2011/11/17(木) 09:59:23.86Rを外部プロセスから呼び出したり、
シェルからRプログラムを渡して標準出力で受け取ったりはできるのでしょうか。
なにとぞよろしくお願いします。
0240１３２人目の素数さん
2011/11/17(木) 12:17:43.67$ echo 'print(pi)' |r
[1] 3.141593
とか
$ Rscript -e 'print(pi)'
[1] 3.141593
0241240
2011/11/17(木) 12:20:00.76> 標準出力で受け取ったり
無意味な例だけど、
$ echo 'print(pi)' |r | sed 's/3/A/g'
[1] A.14159A
0242１３２人目の素数さん
2011/11/17(木) 18:28:14.48ありがとうございました。
活用します。
0243１３２人目の素数さん
2011/11/18(金) 10:01:50.10シェルスクリプトから、短いRスクリプトを呼ぶなら、
ヒアドキュメントを使う方法が個人的に好き。
R --vanilla --slave <<_END_OF_R_ > output_of_R.txt
print(pi)
_END_OF_R_
別に、Rに限らず、PerlでもPythonでもこの方法は使えますが、、、
0244１３２人目の素数さん
2011/11/18(金) 10:12:24.08おぉ、Rって標準入力からそのまま普通に使えたのか
0245１３２人目の素数さん
2011/11/18(金) 18:03:12.10エンジニアと参加願います公安はサリンオウム信者の子供を40歳まで社会から隔離している
オウム信者が地方で現在も潜伏している
それは新興宗教を配下としている公安の仕事だ
発案で盗聴器を開発したら霊魂が寄って呼ぶ来た
<電波憑依>
スピリチャル全否定なら江原三輪氏、高橋佳子大川隆法氏は、幻聴で強制入院矛盾する日本宗教と精神科
<コードレス盗聴>
2004既に国民20%被害250〜700台数中国工作員3〜7000万円2005ソウルコピー2010ソウルイン医者アカギ絡む<盗聴証拠>
今年５月に日本の警視庁防課は被害者SDカード15分を保持した有る国民に出せ!!<創価幹部>
キタオカ1962年東北生は二十代で2人の女性をレイプ殺害して入信した創価本尊はこれだけで潰せる<<<韓国工作員鸛<<<創価公明党 <テロ装置>>東芝部品)>>ヤクザ<宗教<同和<<公安<<魂複<<官憲>日本終Googl検索
0246１３２人目の素数さん
2011/11/18(金) 18:03:58.46誰か(アメリカ)気づいた
ソウルコピー機器
0247１３２人目の素数さん
2011/11/19(土) 03:14:20.46この幅を変更する方法はありますか？また、他の解決方法がありましたら、教えてください。
0248１３２人目の素数さん
2011/11/19(土) 11:32:20.50グラフを大きくした方がよさげだけど、
pdf(file="247.pdf",width=14,height=14)
persp(...)
dev.off()
ぐらいから、サイズを試行錯誤してみれば？
borderの幅が線幅のことなら、lwdなどで指定する。
0249１３２人目の素数さん
2011/11/19(土) 19:55:55.59コメントありがとうございます。
サイズや、線幅を変えて試行錯誤してみましたが、どうもborderの線と線の間隔が狭いのが原因のようです。
この線と線の間隔の設定はできないのでしょうか？よろしくお願いします。
0250１３２人目の素数さん
2011/11/21(月) 08:56:04.33むしろ、border=NAとか
0251１３２人目の素数さん
2011/11/25(金) 21:55:00.40統計数理研究所で、昨日からＲの無料講習会が開かれているようですね。
日程：2011年11月24日（木）− 11月26日（土）
場所：統計数理研究所（東京都立川市）3階セミナー室 2 (D304)
データ解析環境Rの整備と利用
http://mid.ism.ac.jp/stats/msg01502.html
0252１３２人目の素数さん
2011/11/26(土) 00:49:00.800253１３２人目の素数さん
2011/12/05(月) 12:21:38.19ありがとうございました
0254１３２人目の素数さん
2011/12/05(月) 12:21:47.65＜演習問題１＞
i番目の要素がi^2+1で与えられ各要素に名前が付いている次のベクトルを作りなさい。
(注:a[2]=5等のように直接値を決めるのはやめること。)
A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V
2 5 10 17 26 37 50 65 82 101 122 145 170 197 226 257 290 325 362 401 442 485
＜演習問題２＞
matrix(1:100,10,10)を作り、行の順番を入れ替え、そして行と列に名前を付けることで
次の行列を作りなさい。
a b c d e f g h i j
A 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100
B 9 19 29 39 49 59 69 79 89 99
C 8 18 28 38 48 58 68 78 88 98
D 7 17 27 37 47 57 67 77 87 97
E 6 16 26 36 46 56 66 76 86 96
F 5 15 25 35 45 55 65 75 85 95
G 4 14 24 34 44 54 64 74 84 94
H 3 13 23 33 43 53 63 73 83 93
I 2 12 22 32 42 52 62 72 82 92
J 1 11 21 31 41 51 61 71 81 91
＜演習問題３＞
第i,j要素がi^5+jで与えられる10行10列の行列をfor文を使って作りなさい。
＜演習問題４＞
A=matrix(1:100,10,10)を作り
第3列目の平均を計算しなさい。
0255１３２人目の素数さん
2011/12/05(月) 13:03:09.46>>254
解答は1つではなく、人によって全く異なる解答例になる。
「100字以内で答えよ」という問題の解答が1人1人異なるのと同じ。
誰かがここに解答を示すかも知れないが、
ここの解答を写したことは、自分で独自に改変しない限り、バレるよ。
0256１３２人目の素数さん
2011/12/05(月) 13:51:41.750257１３２人目の素数さん
2011/12/05(月) 23:50:31.46ヒント
names関数、xxxnames関数
LETTERS[1:10]、letters[1:10]
(LETTERS、letters は、組み込みの定数ベクター)
0258１３２人目の素数さん
2011/12/06(火) 06:25:24.35統計学の講義⁇
0259１３２人目の素数さん
2011/12/06(火) 21:50:20.66データフレームDFがあって
DF[, 1] にはコードが、
2列目以降は価格が入っています
2列目から501列目まで各時点の値です
行数は2000個程度です
このデータフレームから2つ選んで価格を足し合わせたいのですが
簡潔な方法はありますでしょうか?
現状は
a <- combn(DF[, 1], 2)
temp_a <- merge(t(a[,1]), DF)
temp_b <- merge(t(a[,2]), DF)
res <- temp_a[, -1] + temp_b[, -1]
でやろうかと思っていますが
データ数がデータ数なのでもっと高速な方法がありましたらご教授ください
お願いいたします
0260１３２人目の素数さん
2011/12/07(水) 16:15:54.22rownames(DF) <- DF[,1]
colSums(DF[t(combn(DF[,1],2)),])
ということ？
0261１３２人目の素数さん
2011/12/07(水) 21:14:27.18検索しても分からなかったので質問させてください
自分は参考書を本屋でめくった程度のものなのですが、
PHPとR言語は連携できるのでしょうか？
また、CやPythonなどプログラミング言語にて簡単なもので言えばユークリッドとかベイズとかアルゴリズム化で処理できますが、
R言語の場合処理速度などはどの程度のものなのでしょうか？
Cなどで統計ものを書くよりも、R言語の方がシンプルなような印象を受けたのですが、あまり連携しているのを見かけません
何かR言語にデメリットがあって連携しないのかなと思ったのですが
0262１３２人目の素数さん
2011/12/07(水) 22:30:28.03それだと、
colSums(DF[,2:501])*(2000-1)
と同じじゃね?
>>259
「2つ選んで価格を足し合わせ」る、っていうのが、イマイチ具体的に理解できない。もっと正確に書いてくれないだろうか
それに、なぜ全行について2つの全組み合わせが必要なの?
0263259
2011/12/07(水) 23:20:26.01ありがとうございます
例がわかりにくかったようで申し訳ないです
ランダム変数randuを用いた例だと
DF <- data.frame(randu)
一列目がコードと仮定します
colnames(DF) <- c("CODE", "VAL1", "VAL2")
rownames(DF) <- DF[, 1]
combi <- combn(rownames(DF), 2)
DF1 <- DF[t(combi)[, 1], -1]
DF2 <- DF[t(combi)[, 2], -1]
DFZ <- data.frame(t(combi), DF1 + DF2)
colnames(DFZ)[1:2] <- c("CODE1", "CODE2")
欲しいのはDFZで今回はranduを用いたので列はコードを除けば2つで
行数は400C2の約8万ですが
実際のデータは元データは行数2000 列数500ほどなので
結構時間がかかります
これより高速化はむずかしいでしょうか?
よろしくお願いいたします。
0264きど
2011/12/07(水) 23:22:43.570265１３２人目の素数さん
2011/12/08(木) 01:04:05.71詳細、ありがとうございました
確実に言えるのは、デカいデータなので、後に使う予定がないのならDF1/DF2は作るなっ
てことかな (object保持の負荷が大きい)。他にも不要なobjectはrm()しておく
tcombi <- t(combi) # これは 2000C2 でも瞬時
DFZ <- cbind(tcombi, DF[tcombi[, 1], -1] + DF[tcombi[, 2], -1])
とするだけでも、「少しは」速くなるはず
DFZも丸ごと全部作らないで、tcombiを適当に分割したのを使って部分的に作っては
その都度ファイルに追記書き出しして、最終的にファイルから読み込んで df 化する方が
速いかも(テストしてないけど)
もう既に試されたかもしれない、ありふれた考えなので申し訳ないが...
0266１３２人目の素数さん
2011/12/08(木) 09:17:07.19画像ファイルへの出力方法を調べてください。
検索キーワードは「R グラフィックディバイス」です。
postscript(), png()などさまざまなものがあります。
X11()などスクリーン上のディバイスをコピーするなら、
dev.copy2eps(file="hoge.eps")
で、作業ディレクトリにeps画像ファイルが保存されます。
USBメモリへ保存したいなら、パス付きでファイル名を書けばよいです。
USBのマウント先が/Volume/FUGAなら、
dev.copy2eps(file="/Volume/FUGA/hoge.eps")
とします。
あなたが自分の環境を秘密しているので、助言できるのはこのくらいです。
詳細は、グーグル先生にお尋ねください。
0267259
2011/12/08(木) 23:19:36.17全部でやると32bitなものでメモリの使用量が4GBを超えてしまいましたので
提示いただいた分割する方法でファイルに書き出して対応できました
ありがとうございました
0268１３２人目の素数さん
2011/12/08(木) 23:34:00.0932bitの壁が問題になるなら64bitつかった方がよいと思うのだけど。
自分はRのために3GB→6GBにメモリ増設した。
0269１３２人目の素数さん
2011/12/09(金) 22:44:47.03よかったですね
参考のため、もし差し支えなければ、どれくらいの時間がかかったのか、
動作環境も含めて教えていただけないでしょうか?
0270１３２人目の素数さん
2011/12/10(土) 23:33:27.19やっぱ専門であるのでR言語の方がいいのでしょうか？
PHP、データベースからデータを得て、処理結果を送り返すためのシステム部分にPythonかRを使いたいと考えています
RとPythonを比較すること自体おかしいのかもしれませんが、上記のような処理の為の本を見ると、この２つが良く出てきます
Pythonはプログラミング言語であるので、PHPとかとは処理の連携が簡単でしょうけど、R言語についてはプログラミングをしていても（そういう環境下では）殆ど情報が出てこない、名前を聞かないもので
0271１３２人目の素数さん
2011/12/10(土) 23:48:50.77統計計算のレベルによるだろうけど、本格的に統計処理を入れるなら、
Rを利用した方が楽だろう。PHP-Python-Rという風に使ってもよいのでは。
rpy2とか検索してみて
0272１３２人目の素数さん
2011/12/11(日) 00:12:09.89返答ありがとうございます
確かに、記述方法がRは非常にシンプルだと本屋で調べてみて思いました
Pythonはまだ学習し始めたところですが、PHP、Cなどで書くととんでもないというのがもの凄く簡単に書かれていて驚きました
ところで、今R言語について調べていたら、対話式がメインとか書かれているようでした
R言語は、他の言語のようにテキストエディタで記述し、自動処理出来るのではないのでしょうか？
PHPなどと違い、ブラウザに表示とか、Linux上でファイルやディレクトリを操作したりとかは無理かもしれませんが、
PHPからRで書かれたファイルを呼び出し処理をし、結果を受け取り・・・といったことをやりたいと思っていたのですが
rpy2を今から検索してみます
0273259
2011/12/12(月) 22:04:22.39個人の環境ではないので簡単には64bitには変えられないのです
>>269
この処理だけではないので一概には言えませんが、一断面10分程度です
環境はcentOS6で xeonE3110です
ありがとうございました
0274１３２人目の素数さん
2011/12/13(火) 06:18:01.69いまどきは、こんな言語がPythonと呼ばれているのか。
0275１３２人目の素数さん
2011/12/14(水) 22:48:13.920276１３２人目の素数さん
2011/12/15(木) 23:27:48.29# 疑似観測値 (行方向はパターン、列方向は時系列)
DF <- data.frame(t(t(colnames(randu))),t(randu))
colnames(DF) <- c("PATTERN", gsub("X", "", colnames(DF)[-1]))
# 移動平均の計算 (40サンプル分)
ma_filter <- rep(1, 40) / 40
MADF <- data.frame(DF[,1], t(filter(t(DF[, -1]), filter = ma_filter, method = "convolution", sides = 1)))
colnames(MADF) <- colnames(DF)
# 移動平均の標準偏差(2sigma)の計算
for( i in 41:ncol(MADF)){
if(i == 41){
std <- apply(MADF[, (i-39):i], 1, sd)
} else{
temp <- apply(MADF[, (i-39):i], 1, sd)
std <- rbind(std, temp)
}
}
MASIGMADF <- data.frame(DF[,1], t(rep(NA,39)), t(std*2))
colnames(MASIGMADF) <- colnames(MADF)
# データのある部分だけを抽出
DF <- DF[, c(1,80:ncol(DF))]
MADF <- MADF[, c(1,80:ncol(MADF))]
MASIGMADF <- MASIGMADF[, c(1,80:ncol(MASIGMADF))]
上記のような時系列データとその移動平均および標準偏差があると仮定します
このとき、時系列の観測データが初めて移動平均+標準偏差の値を超えた時点から
再び移動平均に収束するまでをTRUE、それ以外をFALSEとするようなフラグのデータフレーム(形式はDFと同じ)を作成したいのですが、
良い方法はありますでしょうか
0277１３２人目の素数さん
2011/12/19(月) 15:08:40.40Ｒ言語って文系学部でも使いますか？
あと、使えると就職や進学に有利でしょうかね？
0278１３２人目の素数さん
2011/12/19(月) 15:33:46.79文系とは具体的に、どの分野？
経済学や社会学など社会科学分野なら統計解析は必須だろうし、
その他の文系でも、心理学、計算言語学、数理地理学とかデータ処理を扱うなら、
統計解析は必須だろう。統計解析を行うなら、R言語を使うこともあるだろう。
Rを自由自在に使えると就職や進学に有利かと問われれば、多くの場合、否でしょう。
0279１３２人目の素数さん
2011/12/19(月) 19:22:08.37経済学。
十分条件じゃなくて、必要条件であるみたいですね。
れすトンクス。
0280１３２人目の素数さん
2011/12/21(水) 02:29:25.07function(a,b,c,d,m,n){
e<-matrix(Re(fft(a[1:n]-mean(a[1:n]))),1,n,byrow=T) #4つのデータのfftをそれぞれ行列に入れる
f<-matrix(Re(fft(b[1:n]-mean(b[1:n]))),1,n,byrow=T)
g<-matrix(Re(fft(c[1:n]-mean(c[1:n]))),1,n,byrow=T)
h<-matrix(Re(fft(d[1:n]-mean(d[1:n]))),1,n,byrow=T)
j<-matrix(0,4,n) #上記で作ったデータを１つの行列に入れる
j[1,]<-e
j[2,]<-f
j[3,]<-g
j[4,]<-h
k<-j[,m] #m列目の成分を取り出す
o<-(1/n)^2*k%*%t(k) #粗いですがスペクトル密度関数の推定量をもとめる
p<-o[c(1,2),c(1,2)]
q<-o[c(1,2),c(3,4)]
r<-o[c(3,4),c(3,4)];u<-solve(p);v<-solve(r);w<-t(q);
s<-eigen(u%*%q%*%v%*%w) #固有値問題を解く
return(list(j[1,],j[,m],o,p,q,r,s))}
という関数を定義して実行すると
以下にエラー solve.default(p) :
システムは数値的に特異です：条件数の逆数 = 3.72483e-17
とでるんですが、どうなおせばよいでしょうか。
0281１３２人目の素数さん
2011/12/22(木) 22:26:52.11273みたいな使い方はそのコンピュータではアブノーマルなの？
なんでCentOS6なのにまだ32bitなの？ 管理者バカなんじゃないの。
今、パソコンが安いから実験機として買ってメモリてんこ盛りにして64bitOSを作ろうって提案したら？
あとせっかくだからマルチブートの仕方を覚えて、32bitと64bitを共存させて、他にもOSを入れられる
ように設定しておけばいい。
ttp://nttxstore.jp/_II_P813280396
0282１３２人目の素数さん
2011/12/23(金) 09:51:58.81R version 2.14.1 (December Snowflakes) has been released on 2011-12-22.
ってDownloadのところには2.14.0しかないんだけど、
Download R-2.14.1 RC build for Windows (46 megabytes, 32/64 bit)
じゃなくて、正式なリリース版の2.14.1って、どこで落とせますか？
0283１３２人目の素数さん
2011/12/23(金) 10:18:18.71ttp://cran.r-project.org/src/base/R-2/R-2.14.1.tar.gz
0284１３２人目の素数さん
2011/12/23(金) 10:26:11.01あー、ソースレベルって事すか。
バイナリリリースはちょっと待てっていうことですかね。
ありがとうございました。
0285１３２人目の素数さん
2011/12/23(金) 23:31:39.85ginv では？
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