データフレーム名をDFとして、中身が
pref grade score
kyoto 1
kyoto 1 85
oosaka 2 90
kyoto 3 70
nara 2 60
tokyo _3 90
・・・
として、
tapply(DF$score, list(grade=DF$grade, pref=DF$pref), mean, na.rm=TRUE)
みたいのではいかんのですか？
いや、私もよくわからんので、Rコマンダーにお伺いをたててみたんですがね。