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TeXworkは文字コードがUTF-8です。
角藤さんのWin32TeXからインストールしたならば、
最初からTeXWorkで入力すれば文字化けしないはずです。
Shift-JISで作った文書をTeXWorkで読みこむと文字化けします。
個人的意見ですが、Windowsでは、TeXWorkかWinshellが文書
作成、コンパイル、PDF作成までできるので使いやすいと
思います。