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なにはともあれ,一応解決されたようでよかったです。
PDF化する場合,日本語の文字を埋め込むか埋め込まない
かは,cid-x.mapで指定するかしないかによります。
多分TeX-WikiのOTFの設定を御覧になったかと思いますが,
文字を埋め込む設定にしておけば,ファイル大きさは大きく
なりますが,Adobe readerで読む場合,日本語フォントを
インストールしていなくても読むことができます。
英語などのAdobe readerを使っている人でも読めるので
便利かもしれません。