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なにはともあれ,TeXQ&Aで質問されるのが良いかと。
知識豊富なTeXianが適切な回答をしてくれると思います。

ただ,PDFを作成するのに,dvipdfmxをお使いならば,
dvipdfmx -f cid-x.map foo.dvi
として,-f オプションでcid-x.mapを積極的に指定
してみたらどうでしょうか。
もちろん,パスが通っていることが前提ですが