図がズレていたらごめんなさい。
このスレの人には自明のことかと思われるかも知れませんが、

九九の習得の時から視覚的、体感的に理解していないから、あとあと基本的な疑問に悩まされるようになるのだと思います。
（百マス計算等も弊害が大きい）

本当は三次元で理解しないと次のステップにはいけないのですが。　　
例えば以下のように九九も立体的に把握するべきなのです。　
　　　　　　＿＿＿
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　　　｜　☆／　　｜3×3=9はこの高さ
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　　　｜　　　　　｜
　　　｜　　　　　｜
　　　｜　　／｜　｜　2×2＝４はこの高さ
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　　／　　｜／　／１
　／＿＿＿／　／２
／＿＿＿＿＿／３

マイナス×マイナスも上記座標における棒の長さとして考えれば、
プラス×プラスと数値は同じになります。