添え字の付いた数x_yを2乗してるんだからずらすべきだとか主張するなら
きちんと括弧を用いて(x_y)^2と書くのが政党。

似たような話で添え字つきの1文字に複素共軛とかでバーつけたいとき、
\bar{x_y}とか\overline{x_y}ではなく\bar{x}_yと組むとバランスがよい。